Program Pascasarjana di lingkungan UIN SATU Tulungagung didirikan pada tahun 2004, yang saat itu statusnya masih STAIN. Pendirian Pascasarjana berdasarkan SK Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Departemen Agama RI nomor Dj.I/477/2004. Regulasi ini menjadi acuan Pascasarjana untuk menyelenggarakan beberapa prodi. Pada mulanya Pascasarjana UIN SATU Tulungagung hanya membuka Program Magister Manajemen Pendidikan Islam. Seiring kebutuhan masyarakat terhadap pengembangan keilmuan pada jenjang magister, pascasarjana membuka prodi-prodi lainnya. Pascasarjana saat ini memiliki 12 Program Magister yaitu: 1). Manajemen Pendidikan Islam, 2). Hukum Ekonomi Syariah, 3). Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir, 4). Pendidikan Bahasa Arab, 5). Pendidikan Guru MI, 6). Pendidikan Agama Islam, 7). Aqidah dan Filsafat Islam, 8). Ekonomi Syariah, 9). Hukum Keluarga Islam, 10). Tadris Bahasa Inggris, 11). Studi Islam, 12). Tadris Matematika.
Prodi Magister HKI diselenggarakan oleh Pascasarjana UIN SATU Tulungagung dengan pertimbangan adanya kebutuhan masyarakat terhadap pengembangan keilmuan HKI. Prodi Magister HKI mulai beroperasi sejak 31 Mei 2017 berdasarkan izin penyelenggaraan melalui SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor 3033 Tahun 2017. Kemudian pada tahun 2021 Prodi Magister HKI telah memperoleh peringkat akreditasi B berdasarkan SK Nomor 13412/SK/BAN-PT/Ak-PNB/M/XII/2021. Kemudian, status terakreditasi B dikonversi menjadi Baik Sekali melalui SK Nomor 4158/SK/BAN-PT/Ak.KP/M/V/2024.