Pascasarjana UIN SATU Tulungagung telah diselenggarakan mulai tahun 2024. Pada saat itu status kelembagaan Perguruan Tinggi ini berbentuk STAIN (Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri).
Pada periode ini kepemimpinan STAIN Tulungagung , yaitu sebagai berikut :
I. Struktur Pimpinan Periode 2002-2006
1. Ketua : Drs. H. Achmad Patoni, M.Ag.
2. Pembantu Ketua I : Prof. Dr. Mujamil, M.Ag.
3. Pembantu Ketua II : Drs. H. Ali Rohmad, M.Ag
4. Pembantu Ketua III : Drs. H. M. Saifudin Z, M.Ag
5. Pembantu Ketua IV : Drs. H. Akhyak, M.Ag
6. Direktur Pascasarjana :
II. Struktur Pimpinan Periode 2006-2010
1. Ketua : Prof. DR. H. Mujamil, M.Ag.
2. Pembantu Ketua I : Dra. Hj. Retno Indayati, M.Ag
3. Pembantu Ketua II : Drs. H. Ali Rohmad, M.Ag
4. Pembantu Ketua III : Drs. H.M. Saifudin Zuhri, M.Ag
5. Pembantu Ketua IV : Prof. DR. H. Imam Fuadi, M.Ag
6. Direktur Pascasarjana : Dr. As’aril Muhajir, M.Ag.
IV. Struktur Pimpinan Periode 2010-2014
1. Ketua : DR. Maftukhin, M.Ag.
2. Pemb. Ketua I : Prof. Dr. H. Imam Fuadi, M.Ag.
3. Pemb. Ketua II : Dr. H. M. Saifuddin Zuhri, M.Ag
4. Pemb. Ketua III : Dr. Nur Efendi, M.Ag.
5. Direktur Pascasarjana : Prof. Dr. H. Achmad Patoni, M.Ag.
Pada tahun 2013, Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Tulungagung melakukan perubahan bentuk menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Tulungagung. Perubahan status ini diatur melalui Peraturan Presiden Nomor 50 Tahun 2013 tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Tulungagung Menjadi Institut Agama Islam Negeri Tulungagung. Adapun periodesasi kepemimpinannya setelah menjadi IAIN Tulungagung adalah sebagai berikut:
I. Struktur Pimpinan Periode 2014-2018
1. Rektor : DR. Maftukhin, M.Ag.
2. Wakil Rektor I : Prof. Dr. H. Imam Fuadi, M.Ag.
3. Wakil Rektor II : Dr. H. M. Saifuddin Zuhri, M.Ag
4. Wakil Rektor III : Dr. Nur Efendi, M.Ag.
5. Direktur Pascasarjana :
II. Struktur Pimpinan Periode 2018-2021
1. Rektor : Prof. Dr. Maftukhin, M.Ag.
2. Wakil Rektor I : Dr. H. Abd. Aziz, M.Pd.I.
3. Wakil Rektor II : Dr. H. M. Saifuddin Zuhri, M.Ag.
4. Wakil Rektor III : Prof. Dr. Abad Badruzzaman, Lc., M.Ag.
5. Direktur Pascasarjana : Prof. Dr. H. Achmad Patoni, M.Ag.
Pada tahun 2021, Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Tulungagung melakukan perubahan bentuk menjadi Universitas Islam Negeri Sayyid Ali Rahmatullah Tulungagung atau biasa disebut dengan UIN SATU Tulungagung. Perubahan status ini diatur dengan Peraturan Presiden Nomor 40 tahun 2021 tentang Universitas Islam Negeri Sayyid Ali Rahmatullah Tulungagung. Adapun periodesasi kepemimpinannya setelah menjadi UIN SATU Tulungagung adalah sebagai berikut:
I. Struktur Pimpinan Periode 2021-2023
1. Rektor : Prof. Dr. Maftukhin, M.Ag.
2. Wakil Rektor I : Dr. H. Abd. Aziz, M.Pd.I. (Digantikan oleh Dr. H. Ahmad Muhtadi Anshor, M.Ag. karena menggantikan Wakil Rektor II, Dr. H. M. Saifuddin Zuhri, M.Ag. yang wafat).
3. Wakil Rektor II : Dr. H. M. Saifuddin Zuhri, M.Ag. (Digantikan oleh Dr. H. Abd. Aziz, M.Pd.I. karena wafat).
4. Wakil Rektor III : Prof. Dr. Abad Badruzzaman, Lc., M.Ag.
5. Direktur Pascasarjana : Prof. Dr. H. Akhyak, M.Ag.
Pascasarjana UIN SATU Tulungagung dimulai pada tahun 2004. Saat itu, Perguruan Tinggi ini berstatus Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Tulungagung. Program tersebut dibuka berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Departemen Agama Republik Indonesia Nomor Dj.I/477/2004. Program Studi yang dibuka adalah Pendidikan Islam dengan Konsentrasi Manajemen Pendidikan Islam.
Sejak didirikan pada tahun 2004 sampai tahun 2016 Pascasarjana IAIN Tulungagung telah memiliki 10 (sepuluh) program studi S2(magister), yakni: (1) Manajemen Pendidikan Islam, (2) Pendidikan Agama Islam, (3) Ilmu Pendidikan Dasar Islam, (4) Hukum Ekonomi Syari’ah, (5) Ilmu Al-qur’an dan Tafsir, (6) Pendidikan Bahasa Arab, (7) Ekonomi Islam, (8) Filsafat Agama, (9) Hukum Keluarga Islam dan (10) Tadris Bahasa Inggris. 6 program studi tersebut telah terakreditasi,sedangkan 4prodi masih dalam proses pengajuan akreditasi karena baru mendapatkan izin penyelenggaraan pada tahun 2015/2016dan 2016/2017.Untuk program Studi Manajemen Pendidikan Islam sudah terakreditasi A, serta 2(dua) program studi S3 (Doktor) yaitu Manajemen Pendidikan Islam Transformatif Profetikdan Studi Islam Interdisipliner (SII).
Dalam rentang waktu antara tahun akademik 2004/2005 sampai 2017/2018, Pascasarjana IAIN Tulungagung telah banyak meluluskan para magister. Sesuai dengan perkembangan pendidikan tinggi dewasa ini, ternyata lulusan program S-2 masih memiliki sejumlah kekurangan. Kekurangan tersebut dapat dilihat dari beberapa segi. Secara akademik, pertama, pendidikan S-2 belum memadai bagi para mahasiswa untuk memperdalam ilmu mereka. Kedua, berdasarkan Surat Edaran Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: Dj.II/PP.00.9/482/2006 tanggal 13 Juni 2006, Dosen yang mengajar di Program S-3 harus berpendidikan S-3 atau yang setaraf S-3. Secara formal, jabatan tambahan dosen seperti Rektor UIN/IAIN, Ketua STAIN, Pembantu Rektor UIN, dan jabatan tambahan fungsional lainnya, antara lain, mengharuskan calon yang bersangkutan berpendidikan Doktor (S-3). Hal ini menyebabkan sebagian alumni Magister Pascasarjana tersebut mengharapkan dibukanya Program Strata Tiga (S-3). Sebagian besar mengharapkan pembukaan program tersebut di IAIN Tulungagung. Ini dikarenakan alasan ekonomi, politik, sosial,dan budaya yang menuntut mereka untuk tetap berada di wilayah eks-Karesidenan Kediri. Harapan ini muncul dikarenakan Pascasarjana IAIN Tulungagung merupakan Pascasarjana yang didirikan pertama kali di lingkungan STAIN se-Indonesia.
Terbatasnya kewenangan dalam penyelenggaraan program doktor, secara kelembagaan, menyebabkan minimnya jumlah dosen bergelar doktor di berbagai PTKI. Implikasinya adalah kualitas pendidikan kurang maksimal dan sulitnya mencapai poin tertinggi dalam akreditasi prodi maupun institusi. Salah satu kelemahan PTKI adalah kurang proporsionalnya jumlah dosen yang berkualifikasi pendidikan doktor.
Penyelenggarakan program doktor pascasarjana IAIN Tulungagung berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 6366 tahun 2015 tentang izin penyelenggaraan program studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) pada program doktor IAIN Tulungagung.
Berdasarkan keputusan tersebut, maka IAIN Tulungagung perlu menjalankan peran pendidikan dalam mencetak generasi unggul dan berdaya saing baik di level regional, nasional, dan internasional. Untuk mencapai hal tersebut dibutuhkan, antara lain, para lulusan dengan kemampuan penguasaan ilmu pendidikan dan pengetahuan yang mendalam, kemampuan bahasa, dan selanjutnya diharapkan mampu menjadi ahli-ahli di bidang Manajemen Pendidikan Islam yang sesuai dengan kompetensi kerja dalam Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI).
Banyaknya lulusan S2 dari berbagai bidang keilmuan Keislaman non kependidikan yang berkeinginan melanjutkan ke jenjang S3 yang serumpum mengharuskan Pascasarjana IAIN Tulungagung untuk membuka Program studi S3 Studi Islam. Dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kemenag RI Nomor 4171 tahun 2017 tanggal 01 agustus 2017 dibukalah Program studi Studi Islam Interdisipliner pada Program Doktor IAIN Tulungagung.
S3 Studi Islam Interdisipliner untuk mempersiapkan tenaga ahli dan pemikir yang cerdas serta memiliki penguasaan kemampuan studi Islam interdisipliner dalam kerangka mengembangkan Islam yang rahmatan li al ‘alamin dalam rangka menuju cita-cita besar IAIN Tulungagung sebagai kampus dakwah dan peradaban.
